Searching fungi enzyme using BRENDA - tra cứu enzyme

BRENDA

Q: Tôi muốn tra cứu chủng nấm mốc Aspergillus fumigatus sp. có thể sinh những enzyme gì?
A: Tra cứu tên chủng, chọn organism

Kết quả trả danh sách các enzyme và các đường link thông tin về enzyme:

Kết quả có quá nhiều do vậy cần tìm kiếm nâng cao nhóm enzyme, cơ chất, thêm thông tin liên quan:

Cần tìm kiếm với từ khóa bổ sung: AND , OR, AND NOT.

Q: Tôi muốn tra cứu và tìm hiểu về các chủng sinh enzyme Lytic polysaccharide monooxygenases (LPMO) thì làm thế nào?
A: Tra cứu tên enzyme
Kết quả trả về 5 nhóm enzyme, tìm hiểu nhóm enzyme mà mình muốn

Nhóm các link bên trái cho phép truy suất nhanh các link tìm hiểu đặc tính  enzyme: tên, phản ứng, cơ chất, vi sinh vật, trình tự, khối lượng phân tử, etc.

Tin sinh_Một vài công cụ trong tìm hiểu về trình tự gene

1. Công cụ

https://molbiol-tools.ca/

2. Trình tự

3. Blast find gene và check trình tự full genome _ bai giang Marcel

4. Thiết kế mồi và phân tích trình tự

5. Dựng cây phân loại

Tim hieu them ve cay phan loai
phylogenetic trees

> Giải trình tự full genome (tách chiết chromosome - đập nhỏ - giải trình tự - ghép chromosome - trả kết quả trình tự full genome  định dạng FASTA. Q)
Để nghiên cứu: tách chiết và giải trình tự mRNA - so sánh với full genome - tìm ra đoạn chứa gene, mRNA chỉ chứa extron - tra ra vị trí extron - các đoạn bị cắt là intron - phủ đầy trong trình tự gene - định hình ORF -  xuất bản trình tự gene - thiết kế mồi - câu gene - giải trình tự.

> Kết quả trả về giải trình tự gene kết hợp với các trình tự bảo thủ - ribosomes - định tên và phân loại
biểu hiện gene bằng trình tự full genome.

> Như vậy có hai cách tiếp cận: tách lọc được mRNA - hoặc giải trình tự protein - Tìm kiếm ngược lại trong full genome.

>FQA:
1. Làm sao để tìm trình tự trong full genome như Max ( làm sao để tìm được trình tự tiềm ẩn)
Matching database:
Genome bank - DNA bank - Protein  bank
2. Làm sao để nói chuyện được với người làm tin sinh học - chuyên gia về genome và DNA?

BLAST_NCBI

1. Tra cứu trình tự
2. Kiểm tra trình tự chuẩn MycoBank
3. Xây dựng dữ liệu trình tự
4. So sánh dữ liệu trình tự